Les « objectifs » de la base-élèves du premier degré « et son utilité pour le système éducatif n’étant pas clairement définis », le comité des droits de l’enfant de l’ONU se déclare « préoccupé par l’utilisation de cette base de données à d’autres fins telles que la détection de la délinquance et des enfants migrants en situation irrégulière et par l’insuffisance de dispositions légales propres à prévenir son interconnexion avec les bases de données d’autres administrations ». C’est une des conclusions émises par ce comité des Nations-unies à l’issue de sa 51ème session, qui s’est tenue à Genève du 25 mai au 12 juin 2009.